Trước đó, Tạp chí Cơ yếu đặt dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo, quản lý trực tiếp của Lãnh đạo Ban Cơ yếu Chính phủ, trực thuộc Ban Nghiên cứu tổng kết lịch sử Ngành (thuộc Cục Chính trị - Tổ chức). Tạp chí Cơ yếu hoạt động với tôn chỉ, mục đích: Tuyên truyền về chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về hoạt động cơ yếu và nhiệm vụ chính trị của ngành Cơ yếu Việt Nam; Trao đổi lý luận chính trị - nghiệp vụ, kinh nghiệm trong các hoạt động của Ngành.
Việc sáp nhập Tạp chí Cơ yếu vào Tạp chí An toàn thông tin nằm trong xu thế chung của cả nước trong việc thực hiện quy hoạch báo chí toàn quốc. Đây là chủ trương được Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc ký ban hành theo Quyết định số 362/QĐ-TTg ngày 3/4/2019 về việc phê duyệt Quy hoạch phát triển và quản lý báo chí toàn quốc đến năm 2025.
Việc sáp nhập hai cơ quan báo chí của Ban Cơ yếu Chính phủ thành một cơ quan truyền thông duy nhất thể hiện quyết tâm của lãnh đạo Ban Cơ yếu Chính phủ trong việc thực hiện quy hoạch báo chí, từ đó đổi mới mô hình tổ chức, nâng cao hiệu quả hoạt động truyền thông của Ban và ngành Cơ yếu trong lĩnh vực cơ yếu, bảo mật và an toàn thông tin.
Tạp chí An toàn thông tin là cơ quan báo chí của Ban Cơ yếu Chính phủ, được thành lập theo Nghị định của Chính phủ, Tạp chí được đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Thường vụ Đảng ủy, Lãnh đạo Ban Cơ yếu Chính phủ. Hiện nay, Tạp chí thực hiện xuất bản và phát hành cả ba loại hình báo chí gồm: Tạp chí in, Tạp chí điện tử, Bản tin video (xuất bản hàng tháng trên Tạp chí điện tử), với nhiều ấn phẩm khác nhau.
