Để thực hiện mục tiêu nói trên, Thủ tướng Chính phủ đã lập Tổ công tác chuyên trách cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng để tổ chức và điều phối hoạt động cải cách thủ tục hành chính trong phạm vi toàn quốc. Đồng thời, tại 21 bộ, cơ quan ngang bộ và 63 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương lập 84 tổ công tác để tổ chức thực hiện Đề án 30 theo chỉ đạo của Thủ tướng và hướng dẫn của Tổ công tác trung ương. Đây cũng là một điểm khác biệt của Đề án so với các cải cách trước đây.